Avaí

Gabriel Magalhães sinh ra ở Quận Pirituba của São Paulo. Ở tuổi 13, Gabriel bắt đầu sự nghiệp của mình tại Avaí nhưng anh trở lại São Paulo vì nhớ nhà.Tuy nhiên, Gabriel đã cân nhắc lại quyết định của mình và trở lại Avaí sau hai tuần. Cuối cùng anh ký hợp đồng đầu tiên với Avaí ở tuổi 16.Những mùa giải sau đó anh tiếp tục trở thành một nhân tố quan trọng giúp đội giành quyền thăng hạng lên Brasileiro Série A vào năm 2017

Lille

Vào ngày 31 tháng 1 năm 2017,Gabriel đã gia nhập Lille với bản hợp đồng có thời hạn 4 năm rưỡi.Sau khi chơi vài trận cho Lille B anh được mang đi cho mượn lần lượt tại hai câu lạc bộ là Troyes (2017-2018) và Dinamo Zagreb (2018-2019).[1] Mùa giải 2019-2020 anh quay trở về thi đấu cho câu lạc bộ chủ quản sau khoảng thời gian thi đấu khá thành công ở những câu lạc bộ được cho mượn.Sau khi trở về,anh được thi đấu nhiều hơn và tạo thành cặp trung vệ ăn ý với José Fonte

Arsenal

Vào ngày 1 tháng 9 năm 2020, Arsenal công bố việc ký hợp đồng dài hạn với Gabriel Magalhães,phí chuyển nhượng của thương vụ này lên đến 27 triệu bảng[2].Vào ngày 12 tháng 9. Gabriel Magalhães có trận ra mắt Arsenal, ghi bàn thắng thứ hai trong chiến thắng 3–0 trước Fulham tại Premier League.Gabriel nhận thẻ đỏ đầu tiên ở Arsenal vào ngày 16 tháng 12 năm 2020 trong một trận đấu trên sân nhà với Southampton. Vào ngày 28 tháng 12 năm 2020, Arsenal thông báo rằng Gabriel Magalhães có kết quả xét nghiệm dương tính với COVID-19[3]